Namun setelah ijin diberikan, KRI Nanggala hilang kontak dan tidak bisa dihubungi lagi.
Selanjutnya dilaksanakan prosedur pencarian oleh unsur-unsur Satgas . Masing-masing KRI RE Martadinata-331, KRI I Gusti Ngurah Rai-332, dan KRI Diponegoro-365 dengan menggunakan sonar aktif di sekitar menyelamnya KRI Nanggala.
Pencarian dengan menggunakan methode cordon 2000 yards, yakni menyisir atau menyusuri lintasan, di mana tiap-tiap lintasan berjarak 1 mil/2000 yards. Tetapi hasilnya nihil.
Pada pukul 07.00 WIB dilaksanakan pengamatan udara mengunakan Heli ditemukan tumpahan minyak di sekitar posisi menyelam.
Saat ini dalam rangka SAR aksi yang dilaksanakan yakni memberangkatkan KRI Rigel-933 (Pushidrosal) dari Jakarta dan KRI Pulau Rengat-711 (Satuan Kapal Ranjau) untuk membantu pencarian menggunakan side scan sonar.
Selain itu, mengirim 2 mobil chamber ke Banyuwangi, serta mengirim distres ISMERLO (international submarine escape and rescue liaison office) dan sudah direspon oleh Angkatan Laut Singapura dan Angkatan Laut Australia.
KRI Nanggala-402 merupakan kapal selam yang dibangun pada tahun 1977 di HDW Jerman dan masuk jajaran TNI AL tahun 1981.
Dalam pelayaran latihan ini kondisi material dan personel dalam keadaan siap. Personel on board 53 orang terdiri 49 ABK, 1 Komandan Satuan dan 3 personel Arsenal.
Komentar tentang post