Suaka Margasatwa Nantu menjadi habitat hewan babirusa, babi hutan sulawesi (Sus celebensis), anoa (Bubalus sp), rusa (Cervus timorensis), kera (Macaca hecki), tangkasi (Tarsius spectrum), tupai (Prosciurillus munnus), musang sulawesi (Macrogalibia musschenbrocki), ular piton (Phyton sp), ular hijau berbisa (Trimensurus sp), dan biawak (Varanus salvator).
Berbagai jenis hewan aves ada di kawasan Nantu seperti nuri Sulawesi (Trichoglossus ornatus), sesap madu (Nectarina sp), Kumkum hijau (Ducula ainea), ayam hutan (Gallus sp), rangkong sulawesi (Rhyticeros cassidix), kengkareng (Penelopides exarhatus), kakatua hijau (Tanygnatus sumatranus).
Terdapat pula enam jenis raja udang seperti Alcelo meninting, Halcyon chlorys, Halcyon melanorhynea, cittura cyanotis dan lain-lain. (Verrianto Madjowa/Indra Ahmad)
