HIU PAUS termasuk ikan yang berenang sangat lamban. Akibatnya, kapal yang melintas dapat menabrak hiu paus. Tabrakan ini dapat menyebabkan luka permanen hingga kematian.
Kasus-kasus yang menyebabkan populasi satwa ini berkurang dari tahun ke tahun, tercatat seperti pada 1990-an. Penangkapan hiu paus dengan menggunakan tombak dan jaring dilaporkan terjadi di beberapa negara seperti India, Pakistan, Taiwan, Indonesia, Filipina dan Maladewa.
Bahkan di Taiwan, penangkapan hiu paus berlangsung pada skala yang cukup besar, 250 sampai 300 ekor per tahun.
Bagian-bagian tubuh yang diperdagangkan seperti sirip, minyak hati, rahang, daging, perut, usus, tulang rawan dan kulit. Bahkan ada yang menggunakan hiu paus untuk melapisi lambung kapal agar menjadi anti air. Perburuan ini menyebabkan populasi hiu paus menurun.
Kasus-kasus hiu paus yang menonjol di Indonesia pada 2018, antara lain, terjadi di perairan Desa Lion, Kecamatan Posigadan, Bolaang Mongondow Selatan, Provinsi Sulawesi Utara. Di desa yang berada di pesisir Teluk Tomini dihebohkan dengan temuan seekor hiu paus masuk dalam jaring nelayan, pada Jumat 18 Mei 2018.
Setelah dilakukan pemeriksaan dan dipastikan sudah mati, dilakukan pemotongan bangkai hiu paus ini. Pemotongan ini untuk menghindari bangkai hiu paus membusuk di pantai.
Kemudian penyelam menunggangi hiu paus di Teluk Cendrawasih Papua yang viral di media sosial dan berpose di atas bangkai hiu paus.
Sejak tahun 2013, perlindungan hiu paus di Indonesia telah diatur melalui Keputusan Menteri Keluatan dan Perikanan Nomor 18/Kepmen-KP/2013 tentang Penetapan status perlindungan penuh Ikan Hiu Paus (Rhincodon typus).
Keputusan ini dengan status perlindungan penuh pada seluruh siklus hidup dan/atau bagian-bagian tubuhnya.*