Pengoperasian trawl dan cantrang yang mengeruk dasar perairan dalam dan pesisir tanpa terkecuali terumbu karang dan merusak lokasi pemijahan biota laut. Meskipun Cantrang menghindari Terumbu Karang, tetapi kelompok-kelompok kecil karang hidup yang berada di dasar perairan akan ikut tersapu.
Dampak ketiga ini mengganggu dan merusak produktivitas dan habitat biota pada dasar perairan di mana dasar perairan adalah habitat penting di laut karena terdiri dari ekosistem terumbu karang, lamun, dan substrat pasir atau lumpur.
Keempat, sumber daya ikan di perairan Laut Jawa mengalami degradasi dikarenakan padatnya aktivitas penangkapan dari berbagai daerah termasuk dalam penggunaan alat tangkap trawl dan cantrang. Fishing ground (lokasi penangkapan) nelayan akan ikut berpindah dan menjauh, serta biaya operasional penangkapan semakin tinggi.
Komentar tentang post